EVENTO
Curso CBAB/CABBIO: FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS ÀS ANÁLISES DE SEQUÊNCIAS TRANSCRIPTÔMICAS (DE 15 A 26 DE SETEMBRO DE 2014)
E-mail:
marisa@lncc.br
Tipo de evento: Escola
ALUNOS SELECIONADOS COM CUSTEIOAntonio Mauro Rezende, Fiocruz/PECiro César Rossi, UFVCristiane Silva Chitarra, UFMTFernanda Nunes Peron, UFESMaristela Peckle Peixoto, UFRRJPablo Henrique Caracciolo Gomes de Sá, UFPARaquel Calloni, UFRGSStephanie Karenina Bajay, UNICAMPALUNOS SELECIONADOS SEM CUSTEIOAlexandro Cagliari, UERGSAndonai Krauze de França, UNIRBianca Baccili Zanotto Vigna, UNICAMPCaio Tavora Rachid Coelho da Costa, UFRJCintia Paula Jandre Rua, UFRJDaniela Feltrim, UNICAMPEliamar A.N. Pedrini Sanchez, UNESP-FCAVJFelipe Dalvi Garcia, LNCCFernando Sebastián Baldi Rey, UNESP-FCAVJFrancisco Ivanio Arruda Alves, USPIgor Kelvyn Cavalcante Lobo, UFAMJessica Rodrigues Plaça, FMRP-USPKarla Pollyanna Vieira de Oliveira, UFMGKátia Daniella da Cruz Saraiva, UFCLeandro Schaeffer Marturelli, UFRJ-XerémLuciana Rodrigues Camillo, UESCManuela Leal da Silva, INMETROMárcio de Albuquerque Silva, IOC-FIOCRUZMoisés João Zotti, UFSMPablo Henrique Gonçalves Moraes, UFPASamara Silva de Souza, UFSCSâmella Da Hora Machado, UENFSaura Rodrigues da Silva, UNESP-BotucatuVinicius Vilperte, UFSCAs novas estratégias de sequenciamento de DNA de alto desempenho permitem o sequenciamento e análise de milhares de fragmentos de nucleotídeos em paralelo, gerando cada vez mais dados em menor tempo e custo. Com estas tecnologias de sequenciamento de alto desempenho, os projetos de genômica têm se tornado um grande desafio para as análises de bioinformática. Para isso, novas ferramentas foram desenvolvidas e bancos específicos foram criados para tratar especificamente das características intrínsecas desses projetos. Dessa forma, com a mudança de paradigma nas análises dos dados, novos algoritmos foram desenvolvidos para tratar, analisar e classificar as sequências geradas pelas novas plataformas de sequenciamento.Podemos afirmar que a transcriptômica tem sido a abordagem que mais cresceu com o advento das estratégias de sequenciamento de DNA de alto desempenho. Atualmente, todas as plataformas comerciais de sequenciamento de alto desempenho podem sequenciar DNA complementar (cDNA) ao RNA mensageiro em larga escala. Essa abordagem, conhecida como RNA-seq, tem sido aplicada para o sequenciamento de transcritos, tanto de organismos procariotos quanto de eucariotos. A presente proposta de curso CBAB 2014 consistirá no ensino das principais ferramentas de bioinformática para uso na análise de dados de RNA-seq. Serão ministradas aulas teóricas e aulas práticas em computadores.AS INSCRIÇÕES PODEM SER EFETUADAS NO PERÍODO DE 02 DE JUNHO À 01 DE AGOSTO DE 2014CARGA HORÁRIA: 80 hTOTAL DE VAGAS: 40REQUISITOS BÁSICOS PARA PARTICIPAR DO CURSO: Nível de instrução acadêmica: pós-graduandos (mestrando e doutorando), pós-doutorandos ou pesquisadores;Atuação profissional do candidato: Genética, Genômica, Biotecnologia, Bioinformática ou ares afins.INSCRIÇÕES PARA CANDIDATOS BRASILEIROS:A admissão de interessados em participar do curso é limitada e sujeita à seleção. Para que a inscrição seja aceita, é necessário: * que o candidato preencha e submeta o formulário de inscrição (FORM A), juntamente com o link para o currículo da Plataforma Lattes;* quando for o caso, que o candidato apresente o comprovante de matrícula no curso de pós-graduação, resumo do projeto de dissertação ou tese; E* QUE O ORIENTADOR OU CHEFE DO GRUPO DE PESQUISA OU CHEFE IMEDIATO NA INSTITUIÇÃO DE VÍNCULO PREENCHA E ENVIE o formulário para recomendação (FORM B) DE SEU ENDEREÇO ELETRÔNICO INSTITUCIONAL OU DO CNPq (nomedopesquisador@pq.cnpq.br).As inscrições devem ser encaminhadas para: marisa@lncc.brLINK PARA FORMULÁRIOS A E B: http://www.mct.gov.br/index.php/content/view/328350/Instrucoes_para_candidatos_brasileiros.htmlINSCRIÇÕES PARA CANDIDATOS ESTRANGEIROS: http://www.mct.gov.br/index.php/content/view/328347/Candidatos_argentinos_uruguaios_paraguaios_e_colombianos.htmlA admissão de interessados em participar dos cursos CBAB/CABBIO é limitada e sujeita à seleção. Para que a inscrição seja aceita, é necessário: * que o candidato preencha e submeta o formulário de inscrição (FORM A), juntamente com uma cópia atualizada do currículo; E* que o orientador ou o chefe de grupo de pesquisa preencha e envie o formulário para recomendação (FORM B) de seu endereço eletrônico institucional. * Quando for o caso, que o candidato apresente o comprovante de matrícula no curso de pós-graduação, resumo do projeto de dissertação ou tese.As inscrições devem ser encaminhadas ao ponto focal do país de origem do candidato:Argentina: MINCyT - cabbio@mincyt.gov.arUruguai: DICyT / MEC - secretaria@cabbio.uyParaguai: CONACyT - ciencia@conacyt.org.pyColômbia: COLCIENCIAS - contacto@colciencias.gov.co deve-se obedecer a data-limite informada no site www.colciencias.gov.co.PROCESSO DE SELEÇÃO PARA CANDIDATOS BRASILEIROS:A seleção de candidatos será realizada pela comissão coordenadora do curso, e homologada pela diretoria do CBAB, seguindo as instruções em:http://www.mct.gov.br/index.php/content/view/328350/Instrucoes_para_candidatos_brasileiros.htmlPROCESSO DE SELEÇÃO PARA CANDIDATOS ESTRANGEIROS: seguindo as instruções em:http://www.mct.gov.br/index.php/content/view/328347/Candidatos_argentinos_uruguaios_paraguaios_e_colombianos.html APÓS A HOMOLOGAÇÃO DO PROCESSO DE SELEÇÃO, OS CANDIDATOS SERÃO CLASSIFICADOS EM:ALUNOS COM CUSTEIO: 16 ( 7 alunos brasileiros, 4 alunos argentinos, 3 alunos do Uruguai, 1 aluno paraguaio e 1 aluno da Colômbia)ALUNOS SEM CUSTEIO SOMENTE PARA BRASILEIROS: 24. (TAXA DE MATRÍCULA: R$150,00, NÃO INCLUINDO ALIMENTAÇÃO NEM HOSPEDAGEM)________________________________________________________________________________Programa de aulas teóricas (32 horas-aula)Palestra de abertura e apresentação do curso (15/09: 9h30-10h30)Marisa Fabiana Nicolás LNCC/MCTI;Plataformas NGS de sequenciamento e aplicações para RNA-seq (15/09: 11h00-13h00)Ricardo Henrique Kruger Universidade de Brasília;RNA-seq: processamento inicial das sequências (16/09: 8h30-10h30)Guilherme Loss de Morais LNCC/MCTI;Introdução ao programa estatístico R (16/09: 11h00-12h00)Guilherme Loss de Morais e Rafael L M Guedes LNCC/MCTI;RNA-seq: mapeamento e quantificação dos genes expressos (17/09: 8h30-10h30)Pedro A F Galante Centro de Oncologia Molecular Hospital Sírio-Libanês;Comparação de programas para mapeamento de reads de cDNA em genoma de referência (17/09: 11h00-13h00)Guilherme Loss de Morais e Rafael L M Guedes LNCC/MCTI;Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA (18/09: 8h30-10h30)Daniel Guariz Pinheiro USP/Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática;Construção de bibliotecas de cDNA para abordagens de RNA-seq (19/09: 8h30-10h30)Alinne Pereira de Castro Universidade Católica Dom Bosco;Abordagens para o estudo de meta transcriptomas (19/09: 11h00-13h00)Alinne Pereira de Castro Universidade Católica Dom Bosco;RNA-seq: pós processamento de mapeamentos utilizando a ferramenta samtools (22/09: 8h30-10h30)Guilherme Loss de Morais LNCC/MCTI;Estudos quali e quantitativos do transcriptoma de células tumorais (22/09: 11h00-13h00)Raphael Parmigiani Hospital Sírio-Libanês SP;Normalização e análise da expressão diferencial de genes (22/09: 14h00-16h00)Elmer A Fernandez Universidad Católica de Córdoba/Argentina;Estudo de transcriptomas bacterianos (23/09: 11h00-13h00)Marisa Fabiana Nicolás LNCC/MCTI;Anotação de transcriptoma utilizando bancos de dados de ortólogos (23/09: 14h00-16h00)J. Miguel Ortega UFMG;Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e de classificação (24/09: 8h30-10h30)Roney S Coimbra Fiocruz/BH; Conceptos de diseño, análisis y evaluación de experimentos transcriptómicos (25/09: 8h30-10h30 e 11h00-13h00)Elmer A Fernandez - Universidad Católica de Córdoba/Argentina;Análise transcriptômica de small RNAs (25/09: 14h00-15h00)Guilherme Loss de Morais LNCC/MCTI;Programa de aulas práticas (48 horas-aula)As aulas práticas serão desenvolvidas com aplicações de ferramentas de bioinformática e bancos de dados biológicos para análises de sequências.Introdução ao Sistema Operacional Linux (15/09: 14h00-17h00 e 17h30-19h30)Mauricio E. Cantão Embrapa Suínos e Aves e Nicholas Costa Barroso Lima LNCC/MCTI;RNA-seq: processamento iniciais das sequências (16/09: 9h30-10h30)Guilherme Loss de Morais LNCC/MCTI;Introdução ao programa estatístico R (16/09: 12h00-13h00)Guilherme Loss de Morais e Rafael L M Guedes LNCC/MCTI;Descobrindo novos transcritos humanos com dados de RNA-seq (17/09: 14h00-17h00 e 17h30-19h30)Pedro A F Galante - Centro de Oncologia Molecular - Hospital Sírio-Libanês;Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA (18/09: 14h00-17h00 e 17h30-19h30)Daniel Guariz Pinheiro USP/Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática;RNA-seq: processamento gerais das sequências (22/09: 9h30-10h30 e 23/09: 8h30-10h30)Guilherme Loss de Morais LNCC/MCTI;Uso do programa estatístico R para análise da expressão diferencial de genes (22/09: 16h00-17h00 e 17h30-19h30)Elmer A Fernandez Universidad Católica de Córdoba/Argentina.Anotação de transcriptoma utilizando bancos de dados de ortólogos (23/09: 16h00-17h00 e 17h30-19h30)Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília;Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e classificação (24/09: 11h00-13h00 e 14h00-17h00)Roney S Coimbra FIOCRUZ/BH;Identificação e anotação in silico de small RNAs (25/09: 15h00-17h00)Guilherme Loss de Morais LNCC/MCTI;Estudo dirigido de análise transcriptomica (16/09: 14h00-17h00 e 17h30-19h30; 19/09: 14h00-17h00 e 17h30-19h30; 24/09: 17h30-19h30; 25/09: 17h30-19h30)Mauricio E. Cantão Embrapa Suínos e Aves e Silvana Pompéia do Val de Moraes.
Data Início: 15/09/2014 Data Fim: 26/09/2014
Coordenadores: Marisa Fabiana Nicolás - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC - marisa@lncc.br Maurício Egidio Cantão - Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa Suínos e Aves - EMBRAPA -
Comitê Organizador: Marisa Fabiana Nicolás - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC - marisa@lncc.br Maurício Egidio Cantão - Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa Suínos e Aves - EMBRAPA - Elmer A Fernandez - Universidade de Córdoba - -
Instituições Envolvidas: Laboratório Nacional de Computação Científica Universidad Catolica de Córdoba Centro Argentino-Brasileño de Biotecnología Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa Suínos e Aves
Local: Laboratório Nacional de Computação Científica, com Instituição co-promotora: Embrapa Suínos e Aves
Endereço: Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha
Telefone: 55 24 22336101
Fax: 55 24 22336217
Contato: Tathiana da Costa Tapajóz Figueiredo - tathi@lncc.br
Apoio Financeiro: CNPq
Secretaria: Tathiana da Costa Tapajóz Figueiredo - LNCC - LNCC
